2010年11月26日，中国科学技术信息研究所中国科技论文统计结果发布会召开。在公布的“2009年中国百种杰出学术期刊”中，中华医学会系列杂志共有13种入围，包括：《中国危重病急救医学》、《中华儿科杂志》、《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》、《中华放射学杂志》、《中华骨科杂志》、《中华结核和呼吸杂志》、《中华口腔医学杂志》、《中华流行病学杂志》、《中华神经科杂志》、《中华外科杂志》、《中华心血管病杂志》、《中华医学杂志》、《中华医学杂志英文版》。

该所建立的中国科技论文与引文数据库2009年共收录自然科学、技术类期刊共计4926种，经过严格的同行评议和定量评价评选出“百杰”，在一定程度上反映出我国科技期刊的水平。

在“2009年中国百篇最具影响国内学术论文”中，中华医学会系列杂志所刊载的论文中有13篇论文从2005-2009年中国科技论文与引文数据库收录的海量论文中脱颖而出，按照论文的创新性、论文的文献类型、热点论文、论文发表的期刊水平等入选百篇最具影响国内学术论文。

以下根据2010年版中信所《中国科技期刊引证报告》统计：

学科排名第1的期刊（7种）：《中华流行病学杂志》、《中华结核和呼吸杂志》、《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》、《中华口腔医学杂志》、《中华神经科杂志》、《中华医学杂志》、《中华儿科杂志》。

学科排名第2的期刊（7种）：《中华医学杂志英文版》、《中华骨科杂志》、《中华心血管病杂志》、《中华肿瘤杂志》、《中华放射学杂志》、《中华眼科杂志》、《中华妇产科杂志》。

学科排名第3的期刊：《中华神经外科杂志》、《中国危重病急救医学》。

学科排名第4的期刊：《中国实用护理杂志》、《中华检验医学杂志》。